קפטן אמריקה מלחמת אזרחים חשף סודות אפלים רבים סביב כמה מהדמויות הבולטות של הסרט. בעוד שהחשוף הגדול ביותר היה שחייל החורף (סבסטיאן סטן) הרג את הוריו של טוני סטארק (רוברט דאוני ג'וניור), היו גילויים רבים אחרים זרועים לאורך הסרט. למשל, מותה של פגי קרטר (היילי אטוול) הציג את הגילויים שלו גם בגזרת התיאטרון וגם בסצינות שנמחקו.
במהלך הלווייתה של פגי, שרון קרטר (אמילי ואנקמפ) גילתה שהיא אחייניתה של הלהבה הוותיקה של סטיב רוג'רס (כריס אוונס), אך זה לא היה הסוד המשפחתי היחיד שהגיבור הוכרז לו. בזמן שבילה בכנסייה לבדו בעיבוד מותה של פגי, נטשה רומנוף (סקרלט ג'והנסון) נכנסה כדי לוודא שחברתה לא לבד. בעוד הקיצוץ התיאטרלי היה שיחה קצרה שקשורה למי היה ולא חתם על הסכמי סוקוביה, סצינה שנמחקה הכילה קטע מרכזי מעברה של האלמנה השחורה.
בסצינה סיפר סטיב על כך שהוא הופתע שפגי עדיין בחיים אחרי שיצא מהקרח. נטשה הזכירה לו כמה חשוב גם לפגי שהשניים יוכלו להתחבר מחדש בזמן שיש עוד זמן. נאט גם הסבירה כיצד החלטתה להיעלם ולמצוא זהות חדשה בעקבות אירועי קפטן אמריקה: חייל החורף קשור לתחושת סטיב.
לאחר קריסתו של S.H.I.E.L.D. החליטה נטשה ללכת לגלות עוד על משפחתה. הסצנה שנמחקה, 'הלווייתה של פגי המורחבת', התעמקה יותר באמת בגורל הוריה. כפי שהסבירה, החיפוש של נט הוביל אותה לשתי מצבות ליד גדר שרשרת. בצורה של סגירה, נט משך כמה עשבים שוטים והשאיר פרחים במקום הקבר. היא סיימה את סיפורה בכך שהזכירה לסטיב ש'יש לנו מה שיש לנו כשיש לנו '.
דמותו של נט נבנתה על אובדן והתמדה. היא איבדה משפחה אחת ב חייל החורף כאשר S.H.I.E.L.D. פורק, אבל היא נשענה על הנוקמים כבית אחר שהיא יכולה לתבוע עליו תביעה. היא הזכירה לסטיב שהדבר החשוב הוא הזמן שהיה לו עם האנשים שאהב, שנט מעולם לא קיבל עם הוריה. עם הסכמי סוקוביה, משפחתה שוב איימה בהכרח מפוצל באמצע. בסופו של דבר, מותה ב הנוקמים: משחק הקצה היה משהו שעזר להחזיר אותם יחד.
קפטן אמריקה מלחמת אזרחים הראתה שהנאמנות האמיתית של האלמנה השחורה טמונה בבני משפחתה. החלטתה להחליף צד במערכה השלישית שימשה דוגמה מצוינת לכך. עם זאת, הסצנה שנמחקה שבה דנה בהוריה שנפטרו סייעה להוסיף נדבך נוסף להתמקדותה במשפחה תוך שהיא מבשרת על ההתהפכות שלה בהמשך הסרט. למרבה הצער, הסצנות שנמחקו של היקום הקולנועי של מארוול אינן נחשבות כקנוניות, ולכן לא ברור אם מידע זה יעבור להמשכיות העיקרית.
