המקורי אפקט המוני המשחק שהושק בשנת 2007, ושקע שחקנים בעולם מדע בדיוני חדש המאוכלס בחייזרים יצירתיים ומסקרנים, נוף פוליטי מורכב ויותר מכמה נבלים ומפלצות. על המפקד שפרד הוטל להוריד את הספקטר הסורר סארן ארטריוס הנוכל, והמצוד הגלקטי החל.
סרן לא היה מחבל או בוגד רגיל. הייתה לו המטרה להכניס את ציי הריפר הקטלניים להשמדת הגלקסיה הידועה, והוא היה אחרי משהו שידוע רק כצינור. בדרך, המפקד שפרד חווה יותר מכמה פיתולים ופניות מזעזעים, וחלקם היו משפיעים על הגלקסיה בדרכים בלתי צפויות. אילו פיתולי עלילה הגדירו את סיפור המשחק הזה?
כשהמפקד שפרד נגע במשואה הפרותית על עדן פריים
סרן פשט על עדן פריים עם צבא גת שלו, אך לא רק בגלל שנאה לבני אדם. הוא היה אחרי המשואה הפרותית שנחשפה לאחרונה, וברגע שסארן עזב את העולם, שפרד נלחם בדרכו בגדוד של גת ומצא את המשואה בנמל החלל. זה הזמזם באנרגיות מוזרות, ומשך את החוליה של שפרד פנימה.
אשלי וויליאמס כמעט נגעה בזה עד ששפרד כפה אותה מהדרך ונגע במשואה במקומה. בבת אחת, תמונות מהירות ומחרידות הציפו את מוחו של שפרד, וזה ישמש כמוביל הראשון לאמת תכנית הקוצרים וסרן. רק המסרים של המשואה יאפשרו לשפרד להבין את הפרותאנים ולנקום אותם בהמשך המסע. חבל שהמשואה נהרסה תוך כדי.
כשהמפקד שפרד הפך לספקטרום האנושי הראשון
המפקד שפרד לא התקדם מאוד עם המועצה על סיפונה של המצודה, אך המפקד אכן קיבל כמה לידים מגארוס וקריאן, קפטן אנדרסון ואפילו מאדון הפשע פיסט, מה שהוביל את שפרד למצוא ולהציל את טליזורה, קווארי. היה לה הקלטת שמע שהוכיחה את אשמתה של סרן, וברגע שהראיות הללו הוצגו בפני המועצה, אפשרות חדשה הציגה את עצמה.
מישהו היה צריך למצוא ולהוריד את סרן, ורק ספקטרס העילית יכולים להתמודד עם עבודות כאלה. לפיכך נבחר המפקד שפרד לספקטרום האנושי הראשון, סוכן-על עם חופש מבצעי מוחלט ומשאבים עצומים. רק בתור ספקטר מעל לחוק יכול שפרד לרדוף אחריו ולהשמיד את סארן, ושפרד יעזור ליצור רושם טוב על ברית המערכת האנושית בדרך. גיבור גלקטי נולד באותו יום.
כשהמפקד שפרד הציל את מלכת רחני על נובריה
על העולם הקריר של נובריה, תאגידים יכולים להשיק ניסויים מקוונים ופרויקטים מחקריים בקלות. בין כותלי שיא 15, מלכת רחני היחידה ששרדה סבלה מידי ניסויים מדי יום ביומו. החוקרים רצו צבא משובט של כלבי מלחמה, אך המטריארך בנזיה, בן בריתו הקרוב ביותר של סארן, השתמש בכוחותיה כדי לקרוא את מחשבתה של המלכה ולמצוא את מיקומו של המו ממסר האבוד.
שפרד השיג את האינטל החיוני הזה מבנזיה כדי להשיג יתרון חדש על סארן, ומיד לאחר מכן, שפרד (אם השחקן יבחר בכך) חס על מלכת רחני המיוסרת מההרס ואמר לה לברוח. המלכה אסירת התודה עברה לעולם נידח כדי לבנות מחדש את המירוץ הלא מובן שלה, והעניקה להם הזדמנות שנייה. הרכני יופיע שוב בשנת 2186; חלקם היו חיילי קליפה עבור הקוצרים, ואילו אחרים התנדבו לעזור בבניית כור ההיתוך. רחני הם הרבה יותר חכמים ממה שהם נראים, ומוכיחים שהם נכס מלחמה רציני.
כשהמפקד שפרד שכנע את ורקס להשמיד את מתקן השיבוט של קרוגן
הגנופאג השנוי במחלוקת איבד את אנשי קרוגן לאט אבל בטוח, אך סארן פיתחה תרופה והשתמשה בה כדי לגדל במהירות כוחות הלם קרוגנים שטופי מוח על עולמה השופע של וירמיר. צבא קרוגן יהיה נכס רציני עבורו, אך ורקס היה מעוניין רק בתרופה זו. הוא דרש משפרד לעזור לו לגנוב אותו ולהשתמש בו.
שפרד דיבר את ורקס כלפי מטה והצביע כי תרופה טעונה שכזו רק גרמה לקרוגן לעבדים חסרי מוח של סארן או מי שהיה משתמש בתרופה. הקרוגן שימש את המועצה מאות שנים קודם לכן, ורקס לא אהב את הרעיון לחזור על זה. הוא דחה בחוכמה עתיד כוזב זה לעמו והחליט למצוא את החופש העתידי האמיתי של הגזע קרוגן בכוחות עצמו. זה סלל את הדרך לכך שרקס איחד את החמולות של קרוגן והוציא את הגזע שלו סוף סוף מהעידן האפל.
כשסרן הציעה סינתזה עם הקוצרים
מדוע סרן הייתה כה נחושה להביא לאבדון הגלקסיה? סרן האמין שהוא עובד על שביתת נשק עם אויב בלתי מנוצח, הקוצרים, בכך שהוכיח שחלק מהאורגנים יכולים להועיל. סארן חשב שלא נכון שהקוצרים יגמלו אורגני נאמנות בכוח ובסמכות מדהימים בגלקסיה שלאחר הפלישה, אך יש גרעין של אמת לאשליות האלה.
מבחינה נבואית, סרן הציע כי מכונות ואורגניות יכולות להתכנס ליצורים מושלמים בעתיד, כאשר הוא ישמש כדוגמה הראשונה. סארן הוחדר ללא עזרה, אך זה היה רמז מוצק לעתיד הסינתזה הניתן לביצוע שהזרז יציע בימים האחרונים של פלישת הריפר. הקוצרים לא אהבו שחיטה; הם רצו למנוע את ההתנגשות הבלתי נמנעת של אורגנים לעומת יצירותיהם הסינתטיות, והסינתזה תסיים את הסכסוך הזה לתמיד. עתיד אפשרי אחד מתאר בבירור שהבשר והמכונה הופכים להיות אחד, ומכניס שלום אמיתי. סארן פשוט ראתה את זה קודם.
