עם מיינקראפט בהיותו אחד המשחקים הפופולריים ביותר בכל הזמנים, הגיוני שהוא יועבר למגוון רחב של פלטפורמות שונות ויש לו כמה גרסאות שונות לשחק. שתי הגרסאות העיקריות של מיינקראפט הם מהדורת סלע ומהדורת ג'אווה. שתי גרסאות אלה של מיינקראפט דומים בעיקר כשמדובר ב- עדכונים כלליים שהם מקבלים . עם זאת, יש להם הבדלים בולטים בסוגי התוכן הכלולים, באיזון המשחק ובפילוסופיית העיצוב הכללית שמאחורי שתי הגרסאות.
מהדורת Java של מיינקראפט היא הגרסה המקורית המפותחת של המשחק המהווה ככל הנראה רוב מבין 600 מיליון השחקנים הפעילים. מהדורת Bedrock היא השם לגרסת Windows 10 חסרת הג'אווה של המשחק שהושקה בשנת 2011. Bedrock נשארה די דומה ל- Java לאורך השנים, אם כי ישנם כמה הבדלים די משמעותיים בין השניים ששחקנים חדשים צריכים להיות מודעים להם. כשבוחנים איזו גרסה לרכוש.
ההבדל הגדול הראשון מסתכם בעדכון הצפוי מאוד של 'מערות ומצוקים' ותצוגות מקדימות עתידיות (המכונות אחרת תמונות) של תוכן קרוב. נכון לעכשיו, נגני Java ו- Bedrock יכולים לטעון גרסאות בדיקה פומביות של עדכון 'מערות וצוקים' כדי להוציא גרסה מוקדמת של חלק מהתכנים החדשים. עם זאת, לגירסאות סלע ו- Java ניתנות תכונות שונות להתבונן בהן מוקדם.
שחקנים שבבעלותם מהדורת סלע של מיינקראפט יכולים לצפות לראות מבט מוקדם על התכונות החדשות הקשורות להר, כולל הדור החדש והמרשים של ביומיות ההר. בינתיים, נגני מהדורת Java מקבלים מבט מוקדם על הכללים החדשים לייצור מערות ועפרות. חלוקה זו של אופן בדיקת התוכן עשויה לסייע למוג'אנג לבצע בדיקה חוזרת של שני סוגי תוכן חדשים ללא שחקנים מכריעים.
ההבדלים העיקריים במשחק בין שתי הגרסאות הללו בולטים הרבה יותר. מהדורת סלע, למשל, תומכת בקרוס-פליי עם הקונסולה והגרסאות הניידות של מיינקראפט, אך נגני מהדורת Java מסוגלים לשחק רק עם אחרים שבבעלותם מהדורת Java. ישנם גם הבדלים כיצד מטפלים בתוכן מותאם אישית, כאשר במהדורת Bedrock יש שוק ייעודי לשחקנים להורדת מפות DLC ממומנות וחבילות משאבים. נגני Java אינם יכולים לגשת לתוכן שוק זה.
ברוח דומה, modding שונה מאוד בין שתי הגרסאות. נגני ג'אווה יכולים להוריד את כל האמצעים המיוצרים על ידי הקהילה הזמינים באתרים כמו Minecraft Forums או Planet Minecraft. שחקני סלע יצטרכו לבדוק את השוק שהוזכר קודם לכן, שם הם יכולים למצוא מספר עצום של תוספות זמינות לרכישה וגם להורדה. תוספות ומודלים נבדלים ברמת ההתאמה האישית שהם מאפשרים לשחקנים, שכן תוספות לא תמיד תמכו באותם סוגים של שינויים שעושים שינוי באמצעות קוד Java.
שאר ההבדלים בין סלע לג'אווה הם מעטים למדי, אך הם עדיין ידועים כשבוחנים איזו גרסה לרכוש. מצב הארדקור, שבו עולמו של שחקן נמחק כשהם מתים, זמין רק במהדורת Java של מיינקראפט . לסלע יש בדרך כלל פחות פיגור ופחות בעיות ביצועים בהשוואה לג'אווה, אם כי ג'אווה מאפשרת לשחקנים לבנות הרבה יותר גבוה ממהדורת סלע. יש לציין גם כי תאימות Nvidia RTX מצופה מאוד הוא רק בגרסת סלע.
באופן כללי, שחקנים שרוצים את המסורתי מיינקראפט ניסיון ואינם מודאגים מדי מהצלבת משחק או דחיפה קלה בביצועים צריכים להיצמד למהדורת Java של המשחק. עם זאת, מהדורת סלע האם קיימת עבור שחקנים שרוצים דרך אחת עקבית לשחק את המשחק בין מספר גרסאות למהדורות. לאלה שכבר מחזיקים במהדורת Java, גרסת סלע מיינקראפט יכול להיות שווה לבדוק, במיוחד אם שחקנים הם בעלי המשחק במספר פלטפורמות.