צו 66 היה הפקודה הידועה ביותר לשמצה מלחמת הכוכבים היסטוריה, מאותתת על סופה של הרפובליקה הגלקטית ומתחילה להתמוטטות כמעט של מסדר הג'די. בעוד שחיילי המשובטים נאלצו לציית לפקודה 66 בגלל הביו-שבבים שהושתלו בהם בקאנון, קארן טרוויס. אגדות סִדרָה קומנדו רפובליקה מצייר דיוקן כהה בהרבה של הביצוע שלו.
ה קומנדו רפובליקה סדרה מתארת את פקודה 66 כפקודה שלימדו את כל חיילי המשובטים, ולא כזו שנאלצו לציית להם. במבט ראשון, המסדר נראה סביר לחלוטין, מכיוון שהוא נוצר במקור על ידי סיפו-דיאס כדרך להפיל את הג'דיי הנוכלים שיצאו נגד הרפובליקה. צו זה היה גם מעל צו 65, שנועד להדיח את הקנצלר העליון אם תתעורר סוגיה דומה.
ב קומנדו הרפובליקה: צבעים אמיתיים, צו 66 מתואר ככזה: 'במקרה של קציני ג'די הפועלים נגד האינטרסים של הרפובליקה, ולאחר שקיבלו פקודות ספציפיות שאומתו כמגיעים ישירות מהמפקד העליון (קנצלר), מפקדי GAR יסירו את אותם קצינים בכוח קטלני, ו הפיקוד על הגר'א יחזור למפקד העליון (קנצלר) עד שיוקם מבנה פיקוד חדש. '
טרוויס מתאר את המציאות הברוטאלית של מלחמות המשובטים, שיצרה מתח רב בין חיילים משובטים ומפקדי הג'די שלהם. חייו של חייל משובט היו בעיקרם שווים כעבדי חיילים עבור הרפובליקה, והם היו שוות ערך לזו של דרואיד. תהליך ההזדקנות המזורז שלהם הבטיח כי חיילים משובטים לעולם לא יגיעו לחיים מספקים מעבר לקרב, למרות ששיבוטים זהים ביולוגית לבני אדם ומסוגלים להתרבות ביולוגית. שיבוטים היו מסוגלים גם למגוון מלא של רגשות אנושיים, שיצרו סערה פנימית בנוגע לקיומם הקצר.
חיילי שיבוט רבים התעייפו גם הם עם התקרבות המלחמה, מכיוון שנאלצו לראות את אחיהם נופלים בקרב. קומנדו הרפובליקה: צו 66 מפרט את התסכולים הפנימיים של כיתת הדלתא של כורשת על אובדן חיים זה, כשהוא שומע שמות של אלפי שוטרי שיבוט שנפלו. 'סקורץ' לא יכול היה למנות כעת מחצית מהסגלים בקבוצתו במרכז האימונים של טיפוקה, שלא לדבר על הגברים שבהם. הוא חש בושה, כאילו בגד בהם, 'נכתב בקטע. עם התארכות המלחמה, חיילים משובטים רבים החלו להתרעם על הג'די על נפגעים אלה, ואף הטילו ספק בסמכותם.
עמדותיהם של הג'דיי כלפי חיילים משובטים לא היו טובות יותר מכיוון שהם פשוט ראו בהם חד פעמיות. הם היו אדישים במיוחד לקומנדו של שיבוטים, שראו בהם ציידים של שפע של המדינה. למרות אדישותם כלפי חוליות אלה, הג'די הבינו את נחיצותם במלחמה. ״זו הבעיה שיש שיבוטים אינטליגנטים המאומנים על ידי סמרטוט של בריונים לא ממושמעים - הם התבררו במקרה הטוב אידיוסינקרטי, במקרה הרע לא צייתני. אבל הם בטח ינצחו עבורנו במלחמה. סובל אותם, 'הסביר מאסטר הג'די ומנהל הגנרל הכוחות המיוחדים, אריגן זיי קומנדו הרפובליקה: טריפל אפס .
כתוצאה מאי שביעות רצון משותפת זו, לא היה קשה לחיילי שיבוט רבים להפנות את נשקם למפקדיהם לשעבר, אך נותרו כמה חריגים בולטים. צוות יון, שהובל על ידי קפטן מטפס, לא רק שלא ציית לפקודה, הם הפנו את האקדחים נגד כוחותיו של המפקד סלבו שניסו לארוב לקבוצת ג'דיי. טייסות משובטים אחרות, כמו חוליית אומגה, חוליית דלתא ואורדו סקיראטה, לא צייתו גם לפקודה, אך פיגנו את הציות כדי למנוע חשד מצד האימפריה. בעוד שיבוטים באותן טייסות אחרונות קיימו יחסים קלושים עם הג'דיי, הם היו הרבה יותר סקפטיים כלפי פלפטין שחשפה שיבוטים חדשים של סנטקס שהזדקנו כרגיל.
בעוד קאנון מסיר את המשובטים מאשמתם בהוצאה לפועל של צו 66, אגדות מתעמת בראש עם בגידתם. תיאור הניואנסים הזה של צו 66 הוא כהה יותר מקאנון, אבל קומנדו רפובליקה מספק עומק לביצועו באמצעות האנשה של מבצעיו המשובטים וסבלם.
