של Masamune Shirow רוח במעטפת ידוע בעיקר בזכות ההתמודדות עם טרנס-הומניזם ופילוסופיות בנוגע לתודעה. טרנס הומניזם הוא הרעיון שבני אדם יכולים להתפתח מעבר למה שגופם ומוחם יכולים להציע בעזרת מדע וטכנולוגיה. דרך עיניו של גיבור הסדרה מאקוטו קוסאנאגי, ע'ש מייג'ור, הצופים יכולים לראות כיצד רעיונות אלה יכולים להשפיע על החברה. משחק וידיאו המבוסס על הרעיון יתאים לזיכיון, כל עוד סיפור מוצק יכול לגבות אותו.
ל רוח במעטפת חוויה בגוף שלישי תאפשר לשחקנים לשלוט במייג'ור כשהיא מסקלת את הקומות הגבוהות של יפן הסייבר-פאנק, פותרת תיקים לסעיף 9. בעקבות הדרכה קצרה העלילה תתחיל להסתובב סביב טכנולוגיה חדשה למציאות מדומה נראה שגונב את תודעת שחקניו ומשאיר את גופם קטטוני. מכיוון שהמייג'ור כבר קיברנטי לחלוטין ו'רוח הרפאים 'או הנשמה שלה אינם זרים לצורות נעות, היא המועמדת העיקרית להעז בטכנולוגיה זו ולחשוף את התעלומה.
דרך המעבר מהעולם הפיזי לעולם הדיגיטלי, הקו המטפורי בין מי שהוא 'השחקן' של המשחק יהיה מטושטש. במציאות, השחקן שולט במקוטו לא משנה מה, אבל חור הארנב הנרטיבי הולך עמוק יותר כמו השחקן שולט במקוטו , שולטת בעצמה. השאלות העמוקות יותר לא יתחילו להתעורר עד לנקודת האמצע של המשחק כשהעולם הווירטואלי בו השחקן מטייל פועל כסביבה דינמית, ומשנה מזג אוויר ואויבים כרצונו.
ככל שהמשחק מתקדם, השחקנים יתקלו באנשים שתודעתם נגנבה, והם מסבירים כיצד אין הבדל גדול בין העולם הווירטואלי לעולמם. שחקנים יכולים לשאול ואף לסייע לאנשים אלה לחשוף יותר מהסיפור שלהם ומהסביבה. אפשרויות הדיאלוג משמשות חלקים לרעיון הגדול יותר שלא משנה באיזו קליפה אנשים מאכלסים, רוח הרפאים שלהם היא שתופסת את המציאות שלהם. מסלול הסכנה שמקוטו עוקב אחריו יוביל אותה לאנטגוניסט הראשי של המשחק וגילוי שהשחקן לא יראה מגיע.
לבסוף, להתמודד עם אוצר עולם ה- VR המסוכן הזה יהיה יוצר המשחק כקרב בוס שפחות מתמודד עם תחרות גופניות ויותר קרב רעיונות. ככל שהטכנולוגיה ממשיכה להתפתח, היוצר מאמין שלכל הנשמות מגיע סיכוי לחיים טובים יותר בתוך המכונה, ואילו מקוטו מאמין שאותן נשמות ראויות לבחירה זו. בסופו של דבר, מקוטו היה מביס את היוצר ומשחרר את האנשים שנתפסו מהמשחק. יש שחקנים משוחררים שישמחו לחזור למציאות, בעוד שאחרים רוצים לא יותר מאשר לחזור לעולם הזה.
סיפור הפעולה מכופף הנפש יסכם ברעיון שלעתים קרובות האנושות מחפשת בריחה מהמציאות שלהם, אך בסופו של דבר היא בחירתם כמה זמן הם רוצים ש'נשמתם 'תישאר בעולמם המושלם. הרעיון ישמש מטא-פרשנות לעליית הטכנולוגיה מכיוון שהוא הופך להיות יותר אמצעי לאסקפיזם. רוח במעטפת הוא הזיכיון לדבר על משחקי הווידאו והתרבות הטכנולוגית ההולכת וגדלה וכיצד זה משנה לאט את הנוף לאופן שבו אנשים חיים ומתקשרים. משחק עם רעיונות הבסיס של רצון חופשי ואסקפיזם יציע נרטיב מכוון את המוח על הנושא שישמור על שחקנים לדבר לאורך שנים.
