אזהרה: המאמר הבא מכיל ספוילרים עבור ימים חלפו .
לאחר כ- 40 שעות משחק להשלמת הסיפור המרכזי, גיימרים רבים ישימו את הבקרים בצד ויעזבו ימים חלפו לתמיד. אחר יפעיל קובץ שמירה חדש לגמרי. עם זאת, מי שממשיך לשחק לאחר הקרדיט יזכה לתגמול בסוד סודי, שיש לו השלכות עצומות.
לאחר סיום המשימה האחרונה ואי הקוסמים נהרס, מפת העולם הפתוחה של המשחק עדיין זמינה לשיטוט. משם, שחקנים יכולים לסיים את כל יעדי הצד שנותרו, כמו Freaker Hordes או NERO אתרי מחקר. לאחר זמן מה, השחקן יקבל הודעת רדיו מחוקר ה- NERO, ג'יימס אובראיין, שיבקש מהשחקן לפגוש אותו.
כאשר הגיבור דיקון סנט ג'ון פוגש את או'בריאן בבית הקברות הישן, העניינים נהנים. בפרולוג, השחקן פוגש את אובריאן, שלובש חליפת חזמת בגוף מלא וקסדה עם מסך שקוף. הנה פניו נראים לעין. עם זאת, לאורך כל המשך המשחק, המסכה של אובריאן כהה, כלומר דק אינו יכול לראות את פניו.
הסיבה לכך נחשפת רק בסצנת הסיום הסודית: אובריאן נגוע. לבסוף הוא מוריד את מסכתו כדי לחשוף מראה דמוי כלי דם, וגורם לדיאקון להרתע. אובריאן מסביר כי הנגיף שיצר את Freakers מתפתח במהירות, וכעת הוא נמצא בשלב בו הוא יכול לפלוש למערכת הלימפה (המסייעת להגן על הגוף מפני מחלות וזיהומים) של אנשים לא נגועים. הוא גם מגלה שהגבוהים ב- NERO ידעו על זה זמן מה, ומזהיר את דיקון שהם מגיעים. אובראיין עוזב, קופץ למסוק מוטס בכוח ובזריזות לא אנושיים.
קטעי וידאו אלה משדרים כי זן חדש זה של הנגיף יוצר צורה חדשה לחלוטין של פריקר, כזה השומר על תפקודיו הקוגניטיביים של האדם אך בעל כוח, מהירות ותוקפנות של היצורים שדיאקון נלחם לאורך כל הדרך. ימים חלפו . למעשה, בכמה נקודות בסצנה זו, גופו של אובריאן עושה מטלטלים לכאורה, והוא אפילו עושה כמה צעדים לעבר דק לפני שהוא מתנצל. אף על פי שמעולם לא נאמר במפורש, נראה שאובריאן מתנגד לדחף הביולוגי לתקוף שהנגיף הביא.
ברור שהסצנה הזו נועדה להשאיר את הדלת פתוחה ל ימים חלפו סרט המשך, משהו שעכשיו נראה כאילו זה לעולם לא יקרה. במקום הסוף האופטימי של דייק רוכב אל השקיעה עם שרה, הטוויסט הזה סיים את המשחק על צליל אפל יותר ומאיים יותר. הצורה החדשה של פריקר שהוצגה באמצעות אובריאן הייתה יוצרת אויב אדיר במשחק שני, שבוודאי היה עוקב אחר מאמציו של דיקון לחשוף את האמת בקשר של NERO לנגיף.
ראוי לציין זאת, אף על פי ש- NERO מופיע בצורה בולטת ב ימים חלפו , דיקון אף פעם לא באמת נלחם נגדם. במשימות בהן הם מופיעים, דיק יכול רק להתגנב בין החיילים והחוקרים, מכיוון שהמשחק מבהיר שהחליפות שלהם מבוצרות מכדי שהוא יכול לחתוך או לירות. סרט ההמשך עשוי היה להפוך את NERO לאנטגוניסט הראשי, כאשר דיקון והחברה נאלצים להתמודד מולם. עם זאת, כפי שהדברים נראים, זהו סיפור שיישאר בלתי מסופר.
